Le più antiche testimonianze di insediamenti umani nel territorio di Anguillara risalgono alla preistoria: tracce di un insediamento di probabile età del bronzo sono venute alla luce in località tezzon durante i lavori di sistemazione dell'alveo del canale Gorzone nel 1965. 

Da Anguillara provengono anche sporadici ritrovamenti di epoca romana: un probabile frammento di edicola funeraria databile intorno al I secolo d.C. è visibile all'interno della chiesetta del Capitello, murato sul lato sinistro dell'ingresso. 

Risale al periodo Longobardo (sec.VIII) un pluteo raffigurante dei pavoni che si abbeverano, proveniente dalla vecchia chiesa di Anguillara demolita sul finire del secolo scorso per motivi di pubblica utilità, ora conservato presso il Museo Nazionale Atestino.

Per la prima volta Anguillara è citata, con la sua chiesa dedicata a Sant'Andrea apostolo, in una bolla di papa Martino III, datata 11 giugno 944. Nuovamente è menzionata in un documento dell'anno 954, dove  si fa riferimento ad una palude de Anquilaria. 

Il toponimo Anguillara è quasi certamente da mettere in relazione alla pesca delle anguille, per la quale, già nel XII secolo, è documentata l'esistenza di impianti di cattura  nel fiume Adige. Perciò lo stemma comunale, riprendendo le antiche insegne araldiche dei Carraresi, conti di Anguillara e Signori di Padova, reca, inquartate assieme ai carri, le anguille. 

Documenti del 1077 e del 1117 accennano ad Anguillara come Cappella filiale della Chiesa di Tribano e, come Chiesa Curaziale, è anche menzionata in documenti anteriori al 1236. 

Nel 1179 un atto del Podestà di Padova sancisce che gli abitanti e il comune di Anguillara siano esentati, in cambio della manutenzione della via di comunicazione, del pagamento di ogni tipo di imposta e possano darsi proprie regole. Tale privilegio, più volte confermato, si protrasse per secoli, anche sotto la dominazione Veneta.Anguillara fu contea dei Carraresi e nel 1230...